23 enero, 2011

EteRNA, jugando con el ARN

Aquí les presento otro juego bastante interesante y adictivo, que a parte de divertirte un rato, aprenderás mucho sobre el ARN y sus complejas formas, estructuras y funciones. El juego es libre y se juega directamente desde tu navegador.

EteRNA

El concepto de EteRNA es bastante similar al de Foldit: en vez de plegar proteínas, vamos a plegar moléculas de ARN. ¿Plegar moléculas de ARN?… Sí. Tal vez la visión que la mayoría tiene sobre las moléculas de ARN es de una larga cadena de nucleótidos distribuidos linealmente. Sin embargo, a pesar de ser una cadena de hebra simple, puede formar interacciones entre los nucleótidos complementarios (Adenina con Uracilo y Guanina con Timina). Así que estas interacciones doblarán y formaran horquillas, bucles, y una gran diversidad de formas complejas, tan complejas como las formas que adquieren las proteínas. Es así como se forman los ARN ribosomales o los ARN de transferencia.

Por ejemplo, los ARN ribosomales tienen una estructura compleja y es gracias a ella que los ribosomas tienen la capacidad de leer el ARN mensajero y traducirlo a proteína.

La idea del juego es diseñar estructuras complejas y estables de ARN. Para ello, tendrás la capacidad de cambiar los nucleótidos que se te apetezcan. Para no complicar el juego, los nucleótidos están representados por colores. De esta manera, el rojo (G) se complementará con el verde (C) y el amarillo (A) se complementará con el celeste (U). Cada tipo de apareamiento tendrá su valor energético que te permitirá ver si tu estructura es estable o termodinámicamente posible. Así que, el enlace rojo-verde, será más fuerte porque la Guanina y la Citosina forman tres puentes de hidrógeno, mientras que la adenina y uracilo sólo dos.

Lo más interesante del juego es que antes de desarrollar cada puzle te dan una pequeña introducción respecto a la estructura que formarás, la función biológica que cumple, las interacciones con otras proteínas, o si es un ARN interferencia, te indican que genes pueden ser silenciados por esa estructura.

EteRNA2

Para hacer más adictivo el juego, cada vez que resuelvas un puzle te darán dinero, el cual te permitirá subir dentro del ranking del juego. También cuenta con un pequeño chat para que conozcas a gente de otros lugares y tal vez por ahí conozcas al director de un centro de investigación importante y te jale para su laboratorio.

¿Y cuál es la misión del juego? No, no es sólo entretener a los biólogos y otros geeks. Tras esta inocente interfaz hay un plan macabro… Desarrollar la primera librería de estructuras de ARN sintéticos a gran escala. Gracias a las estructuras que diseñemos a través del juego, los investigadores que están tras este proyecto podrán determinar si sus modelos se pliegan adecuadamente y así saber si son biológicamente activos.

Además, los jugadores —sin darse cuenta— crearán nuevas moléculas de ARN, con estructuras que tal vez no encontremos de manera natural, pero que podrían llegar a tener una función dentro de las células. Este interés viene debido a que en los últimos años se ha estudiado mucho acerca de la capacidad de estas moléculas de ARN no codificante (microARNs, ARN pequeño nuclear, ARN largo no codificante, ARN de pequeña horquilla, etc.) de regular la expresión de muchos genes, entre ellos oncogenes, factores de supresión de tumores o genes virales; los cuales podrían ser usados para desarrollar agentes terapéuticos para tratar el cáncer y otras enfermedades como el VIH.

EteRNA3

Así que a matar el tiempo colaborando con la ciencia.

Link: http://eterna.cmu.edu/

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