24 diciembre, 2010

Proteína navideña

Bueno, si bien mi espíritu navideño se fue perdiendo con los años, me dejé contagiar por los que aún lo conservan y me puse a ver la navidad desde un punto de vista biólogo. Después de pensar un rato como lo podría hacer, me acordé que las secuencias de aminoácidos de todas las proteínas están formadas por letras, 20 en total, según la siguiente nomenclatura:

Así que usé estas abreviaturas para formar palabras relacionadas con la navidad y tratar de buscar proteínas que tengan estas “palabras” dentro de su secuencia de aminoácidos. Para eso usé el BLASTp para encontrar de manera rápida las proteínas navillísticas…

La primera palabra que usé fue —obviamente— NAVIDAD. En base a las abreviaturas NAVIDAD haría referencia a una secuencia de Asn-Ala-Val-Ile-Asp-Ala-Asp. Los resultados del BLAST fueron buenos —a pesar que los valores del e-value no eran muy altos— encontrando unas 9 proteínas que tenían NAVIDAD en sus secuencias, entre ellas la Homoserina deshidrogenasa.

blast

Pero, para ubicar exactamente donde se encontraba el “dominio” NAVIDAD dentro de la secuencia tuve que usar el ClustalW para alinear las secuencias y así fue como lo hallé.

clustal

Así que como conclusión, la Homoserina deshidrogenasa de la bacteria Haloterrigena turkmenica es la proteína con el mayor espíritu navideño de todas. Así que pueden entretenerse un rato, mientras esperan las doce, buscando más palabras en el ProteinBank.

FELICES FIESTAS!

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