05 noviembre, 2010

Bio-Linux, sistema operativo ideal para el biólogo

La verdad, no sé mucho del sistema operativo basados en Linux, sólo se que es un software libre y que muchos científicos e investigadores los usan porque les permiten optimizar todos los recursos de la computadora para las tareas que quieren realizar, sobre todo en el área de la bioinformática. Los datos biológicos que cada día se generan son cuantiosos, empezando desde las secuencias de ADN y proteínas, más ahora que estamos en la era de las “ómicas” (genómica, proteómica, epigenómica, metabolómica, etc.); hasta estudios filogenético, biogeográficos y poblacionales. Esta cantidad de infromación ha creado la necesidad de desarrollar un sistema operativo que permita integrar todos estos datos de manera sencilla y que ponga en nuestras manos herramientas bioinformáticas capaces de analizarlos velozmente.

Fue así que en el año 2006 nació Bio-Linux, un sistema operativo diseñado para el biólogo de hoy, con una plataforma bioinformática muy útil que facilita la compartición de datos, con una fácil instalación y manejo, y con un bajo consumo de recursos de nuestro sistema, que ha permitido acelerar el trabajo de los programas bioinformáticos, los cuales se basan en complejos algoritmos que demandan la mayor parte de los recursos de nuestra computadora.

Este año se ha lanzado la versión 6.0, el cual se basa en una plataforma Ubuntu 10.04 (una de las mejores de Linux), y que contiene más de 500 programas bioinformáticos pre-instalados. Además cuenta con un gran soporte técnico on-line, que te ofrece una gran cantidad de muestras de datos para que puedas probar el funcionamiento de cada uno de los programas con que cuenta Bio-Linux. Bio-Linux es de fácil instalación, puede funcionar a la par con tu sistema operativo Windows o Mac OS X, así como también directamente desde tu USB o un DVD.

Si estas más especializado en la biología molecular, tal vez sea más adecuado para ti la plataforma DNALinux, el cual también tiene programas bioinformáticos pre-instalados como ApE- A Plasmid Editor, Biopython, Blast, Emboss, FinchTV, NCBI Toolkit, Polyxmass, primer3, entre otros.

dnalinux

Sin dudas, para aquellos que se sienten cómodos manejando una plataforma Linux, esta es una gran herramienta, para los que no, no importa, a menos que quieras dedicarte a la bioinformática, donde manejar Linux es esencial.

Para descargar Bio-Linux 6.0: http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux/bio-linux-6.0

Para descargar DNALinux: http://www.dnalinux.com/

Para descargar programas científicos para Linux: http://www.gentoo.org/

Referencia:

Field, D; et al. 2006. Open software for biologists: from famine to feast. Nature Biotechnology. 24: 801 – 803. doi: 10.1038/nbt0706-801

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