22 julio, 2008

WikiPathways: Vías metabólicas editadas por la gente

Te dejan un trabajo en la universidad o el colegio, lo primero que haces es ... entrar al messenger y preguntar a alguien si tiene el trabajo, si no lo tiene, lo segundo que haces es buscarlo en la internet, así que una vez que "googlees" lo que buscas, la primera página de búsqueda que te aparece cual es? Wikipedia. Sin dudas Wikipedia se ha convertido en la enciclopedia más usada en la actualidad gracias a su gran facilidad y fácil acceso, desplazando a la ya obsoleta Encarta (si esa enciclopedia que te venía como en 8 CDs y te salía algo de S/.30 en wilson, "no te olvides de instalarle el crack").

Pero Wikipedia no se ha quedado ahí, sino ha formado todo un "cluster" de buscadores Wiki, y muchos de ellos relacioandos con nuestra carrera como: EcoliWiki, que consiste en una página especializada en todo lo concerniente a la E. coli K-12, donde encontraremos todos sus fagos, plásmidos y transposones, gracias a una base de datos completa de su genoma. WikiProteins, donde encontrarán muchos conceptos biomédicos, así como funciones de las proteínas, interacciones y relaciones con determinadas enfermedades. WikiSpecies donde encontrarás un directorio de especies, desde bacteras hasta animales, así como taxonomía y localizaciones.

Pero las vías metabólicas al ser más complejas, ya que implica miles de interacciones entre genes, moléculas y enzimas, lo convierte en un reto para la formación de una enciclopedia de fácil acceso. Imagínense tener que ordenar y actualizar cada una de las vías metabólicas de los seres vivos, o por lo menos de los más importantes. Por esta razón WikiPathways, permite que las personas que usen esta enciclopedia puedan actualizar, añadir y modificar las vías metabólicas presentes en este entorno, a diferencia de las Base de Datos de importantes agencias de investigación como el NCBI o EMBL, donde la actualización y reparación de la información, en este caso las vías metabólicas, están en manos de unos pocos investigadores que tienen acceso mediante una clave via FTP o algo similar para modificar y actualizar estas bases de datos que les son enviados por los distintos centros de investigación de todo el mundo. WikiPathways lo hace de la siguiente manera:

WikiPathways, tiene la gran ventaja de que cualquier investigador en cualquier parte del mundo pueda modificar o actualizar cualquier ruta metabólica, según sea su especialidad o resultado de alguno de sus trabajos de investigación. La interfase para la modificación y actualización de las vías metabólicas es sumamente sencilla, sin la necesidad de tener conocimientos avanzados en computación y programación, a diferencia de las otras bases de datos que requieren de programas especiales para su modificación, además WikiPathways cuenta con un programa de seguridad que permite detectar cuando una vía metabólica que viene siendo actualizada o mejorada, no se esta realizando de manera lógica o tiene errores en la secuencia de reacción, esto para evitar que algún gracioso quiera jugar una broma y poner cualquier cosa menos una vía metabólica real.

Finalemente, WikiPathways permite una fácil contribución y mantenimiento de la información de las vías metabólicas gracias a la interacción de toda la comunidad científica que permite un potenciamiento rápido y directo superando a las bases de datos de vías metabólicas existentes como the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG o la Pathway Commons.

1 comentario:

  1. gringo, lo maxxximo tu blog¡¡¡¡¡ ya vote con mis 5 correos que tengo.

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